顺治十八年（公元1661年），顺治帝因突患天花，生命垂危，他自知将不久于人世，于是召见大臣大学士麻勒吉、学士王熙，口授遗诏“……朕子玄烨，佟氏妃所生，年八岁，……兹立为皇太子，即遵典制，待服二十七日，释服即皇帝位。”不久，顺治帝驾崩于养心殿，时年24岁。顺治帝驾崩后玄烨继承了帝位，并于公元1662年改元为康熙，史称康熙帝。
大清帝国新的继承人玄烨是顺治帝的第三个儿子，由孝康章皇后佟桂氏于顺治十一年三月生于景仁宫。他不但出身帝王之家，而且天姿聪敏，文武双全，但他的童年生活并不幸福。
按照清制，皇子、皇女出生之后，与生身额娘（母亲）分居，由乳母、保姆养育。在玄烨在两三岁时，又不得不出宫避痘（天花），住到皇宫西墙外的一座宅院里。当时对这种病没有特效药，传染率高，死亡率高，宫廷里也是谈“痘”色变。当时他的身边只有乳母、保姆、宫女、太监照料，长期不能同父母相见。
直到晚年康熙还对此难以忘怀，他说：“世祖章皇帝（顺治帝福临）因朕幼年时，未经出痘，令保姆护视于紫禁城外，父母膝下，未得一日承欢，此朕六十年抱歉之处。”
直到四五岁出痘以后，玄烨才搬回皇宫。尽管九死一生，逃过一劫，但这场病灾，使玄烨脸上留了麻子。
幼年的玄烨并不是顺治最宠爱的孩子。顺治先后娶了19位后妃，有满洲人、蒙古人、汉人，他最宠爱的是一位董鄂妃。玄烨从2岁到7岁的6年间，父亲顺治正陷在自己爱情悲喜中，并没有给予他足够的关爱。更加不幸的是，玄烨8岁的时候，父亲病逝，10岁时，生母佟氏也病死了，
尽管经历种种不幸，但玄烨在少年时受到了良好的教育。其中孝庄太皇太后对他关爱非常，十分注重对他的教育。康熙对自己的祖母充满感激，后来回忆说：“朕自幼龄学步能言时，即奉圣祖母慈训，凡饮食、动履、言语，皆有规度。”并说：“藉圣祖母太皇太后鞠养教诲，以至成立。”认为自己能够有所成就，是因为祖母从小对他的教导。
玄烨5岁开始读书写字。史书说他：“自五龄后，好学不倦。”除了学习满洲语、蒙古语之外，还要学习汉语。学习内容包括帝王政治、圣贤心学、六经要旨等等。他读书刻苦：每一段、每一篇，都要朗诵百遍，然后背诵百遍，直到融会于心。玄烨自己说：“自幼读书，于古今道理，粗能通晓。”
不止刻苦读书，玄烨对骑射也十分重视，而且十分善于骑射。顺治皇帝认为皇子对骑射功夫不应疏忽。对此，玄烨也是十分认同的。他一生都不曾放下马上功夫，十二三岁的时候，就曾去南苑校射行围。康熙二十年（1681年），他更是开辟了木兰围场，校猎行围。他后来能够有足够的体力与精力处理朝政，也受益他平时的锻炼。
