九鸾仍旧不死心，因为秦始纪和人类的历史最为相似，本身又是乾遗留下来的一小段关键的时光，能够作为跳板进入主世界。所以她让曾国制造了两头剧毒白蛇送入了秦始纪，想要干扰主世界的进程。
拥有救世者资质的刘邦斩杀了其中一条雄白蛇，并且将之镇压起来，雌白蛇却逃脱，并且不愿意执行本来的任务，居然跟一名人类相爱。
九鸾连续几次阴谋被破坏，让一直都关注秦始纪的第三基因文明也忍不住出手，他们借助秦始纪的一个时空断代，进入了两汉交界的时期。
他们派出了自己世界的特使，这位特使以为自己是救世者，是建立新朝的王莽，实际上刘秀才是救世者。
而刘縯和王睦是来自第一机械文明人，他们明白只有保护主世界，才能让第一机械文明传承下去。
两个来自第一机械文明的人完成任务，因为他们无法回去自己的世界了，就甘愿壮烈牺牲，协助乾把这混乱的世界抽离并入了秦始纪。
南宋时期，被封印的雄白蛇复苏，制造了整座杭州城的破坏，它也想要利用时空断代，重新回归本来世界，但却制造了一场大危机。
救世者许仙，在乾的引导下，发现若自己不拯救世界，他就会消失在历史中，只能奋起爆发，封印了时空断代，让这个小时空节点，回归了应该去的秦始世界。
第三基因文明的人不断的派出战士，想要重新回归主世界，重新执掌主世界，但都被乾派出的人破坏，他们就创造了一个类似仙侠的世界，并且创造了一头血魔，想要借此消灭救世者和来自第一机械文明的使者。
乾找到的救世者张羽和颜色，为了拯救自己的世界和爱人，先后进入了血魔世界。
他们得到了乾赐予的力量，再一次击败了第三基因文明的入侵。
最后两大文明以一个游戏为契机，在未来的世界进行最后一次决战。
道德纪——
乾在抽离周土神话纪之后，也曾想过如果用其他生命来代替人类，用没有自我毁灭倾向，品德完美的生命取代人类，是否就能够减少这些危机？
他甚至做好了当人类消失，自己也同归于尽的准备。
他挑选了四种最为纯净，最为善良，完全没有毁灭的野心和欲望的生灵，并且创造了一个世界，把这四种生灵投入了进去。
这四种生命分别是龙，凤凰，麒麟和独角兽，它们在新的世界里生活的非常安逸，一切美好，乾观察了几百年，认为自己想法完全没问题，准备用这四种生命代替人类的生活，商阻止了他，并且建议他给这这个世界投放一个新“物种”，观察这四种生命如何应对竞争者。
乾虽然觉得没有必要，但还是照着商的话做了。
龙代表的是正义，它对这个世界新出现的物种根本不加理会，只是偶尔觉得被侵犯了，才会去大肆杀戮一番，根本不问青红皂白，导致和乾投入的新物种结下了越来越深的仇恨。
