顾宪成亲自为书院讲会审订了宗旨及具体会约仪式，这年十月，顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才（时称东林八君子）等人发起东林大会，制定了《东林会约》，它规定每年一大会，每月一小会，除了严寒盛暑外，定期会讲。
东林书院从成立之初就不是一个单纯的学术团体，而是一个政治意图明显的在野人士俱乐部，它由一批心有不甘的在野人士发起成立，主要活动是学术搭台、政治唱戏。
明代官场各种复杂关系不断在东林书院交汇凝结。东林书院很快就发展成为各种关系的总部基地，编织成一个隐秘而庞大的关系网，每年一次的大会有时多达千人，积聚了很大的政治能量，从而吸引了众多在职官员参与其中，小官加入其中可相互取暖，大臣也愿意引以为后盾，形成了势力庞大的东林党。东林党是明朝党争的始作俑者，对明代政治影响深远。
东林党虽然站在道德的制高点上，以气节道义相号召，以君子自居，但有一点是可以肯定的，结党必定营私，结党必破坏平衡，无论古今中外，结党都不是一个好现象。
“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事、事事关心”这个漂亮的对联，也不能掩盖结党的消极方面。
事实上这幅对联是有毛病的，一个人要知所进退，尤其是在工作中要守“本分”，不该听的不要听，不该关心的事不要关心，不能“声声入耳”、“事事关心”。
“本分”二个字，可不是说着玩的，它是一种境界，也是一种修养，在一部分廷臣看来，顾宪成等人的问题，就在于太不守“本分”。
由于东林党人对政治生态平衡的破坏，威胁到其它非东林党人的利益，许多非东林党的官员为自保也纷纷以地域为单位，以高官为领袖，结成帮派，一时朝中宣党、浙党、楚党、齐党林立，他们联合起来打击东林党人，而万历皇帝也逐渐对东林党感到厌恶，因此，在万历期间，东林党使终在党争中处于下风。
一开始双方尚未在朝堂上公开交手，而是利用京察互放冷箭。
明代“京察”和“外察”是对官吏进行考核的两种制度。“京察”是考察在京任职的官员，每6年一次；“外察”是考核在地方上任职的官吏，每3年一次。一般是趁外官来京师朝见皇帝时给以考察。“京察”是根据官员的政绩、品行，来决定升迁、降调或罢官等奖惩。若是“京察”中被罢了官，就将终身不再起用，政治生命就此结束。
由于“京察”的致命性，常常成为官僚间互相斗争的一个重要场合，东林党和非东林党人开战以后，京察更是成为双方的主战场。
万历三十三年，主持“京察大计”的是东林党人都御史温纯和吏部侍郎杨时乔，他们借机把浙党官员钱梦皋、钟兆斗等人贬谪了。但南京的“京察大计”主持者则是齐、楚、浙党主持，他们也斥逐东林党的官员。
