在政治上贵由做的比乃马真强，可是在处理兄弟问题上，就有些差强人意。蒙古的政治体系很奇特，兄弟关系处理不好，就等于国家混乱，因为他的这些兄弟，全都是分公司的总经理。
首先，在察合台汗国的问题上，贵由做的就有些偏颇，早先察合台病逝的时候，曾经留下遗言，汗国由他的长孙哈喇旭烈来继承，可是贵由和察合台的儿子也速蒙哥关系非常密切，所以逼迫哈喇旭烈让位，哈喇旭烈不敢违抗，但心里埋下了不满的种子。
这还不是最要命的，最要命的还是贵由在西征途中和拔都闹出的不愉快。长子西征的最大成果就是把拔都变成了钦察汗，把他的汗国变成了蒙古最大的汗国，以至于拔都已经拥有了跟中央抗衡的实力。
公元1247年，贵由想要除掉拔都这个隐患，于是率领大军前往中亚，进入波斯，准备攻击拔都的领地，当时拔都蒙在鼓里，因为贵由给自己找了个好借口，他说首都和林空气不好，跑到中亚去，企图在那里集结军队，通过高加索山脉，进攻钦察汗国，但不巧的事儿，第二年，贵由行军到一般的时候，死在了新疆青河地区。
贵由的死因大约和他老爹窝阔台一样，都是酒色过度，从他继承汗位的那一天起，身体就一直不怎么样，像唐高宗一样，休病假的时候，就把政府工作交给自己的亲信镇海、合答，和皇后海迷失。贵由死的时候，好像窝阔台一样，没有留下遗嘱，蒙古汗国那些有实力的王爷们再次出来争位，一时之间没有定论，所以海迷失像乃马真一样，暂时接管了国家权利。
因为在窝阔台即位的问题上，察合台曾经做出了不可磨灭的贡献，从那以后，窝阔台一系和察合台一系一直都保持在一条战线上，而蒙古汗国早期的汗位争夺都是发生在成吉思汗的四个儿子身上，所以术赤一系和托雷一系也长期保持着良好而密切的关系，这样，在汗国内部就分成了两个大的派系。
术赤一系，因为出身有污点，所以早就失去了继承汗位的资格，连半点可能性都没有。拔都非常清楚这一点，所以他只能尽量在西方扩大自己的领土，当个分公司的一把手已经心满意足了。但窝阔台和术赤的恩怨由来已久，贵由也接着不断地虐他一下，这让他产生了强烈的报复心理。
说是为了报复也好，还是出于钦察汗国日后的发展着想也好，拔都从骨子里都是不想让窝阔台一系的人继续掌权的。
所以贵由死后不久，拔都以宗王之长的身份，要求所有的宗室王公在阿拉塔黑山举行忽里台选汗大会，他本人和托雷一系的蒙哥、忽必烈等人全都到场参加会议。上一次拔都不是拒绝参加贵由的选举大会嘛，这一次轮到他尝试这种滋味了。
