康熙除掉鳌拜后，三藩成为他最大的心病。三藩是指清初所封的三个异姓王。
在中国的历史上，功臣活着的时候，就被封为异姓王是件很难的事情，明朝的藩王都是朱家子孙，异姓藩王都是死后追封。为什么清初会出现三个异姓藩王呢？这是因为清政府要利用明朝降将平定及镇守南方。
清政府入关之后，八旗兵力不足，为了对付农民起义军和南明小朝廷的反抗，不得不依靠明朝的降官降将充当前驱，从事招抚及武力镇压。而这些降将，在对付起义军和南明小朝廷的时候，也确实勇猛善战，有时候甚至比八旗兵还敢拼命。在明朝降将中，以孔有德、耿仲明、尚可喜、吴三桂四人替清朝出力最大，这四位降将所率领的军队也成为八旗以外的重要力量，所以均受封为王。
二十年后，抗清的农民军失败了，南明的小朝廷也被消灭了。这时清政府把八旗基本力量放置在北方，以保卫京师及驻防各重要城池，而南方就交给吴三桂等藩王去镇守。
藩王中，吴三桂驻云南，尚可喜驻广东，耿精忠（耿仲明之孙）驻福建，这样便形成了三藩。三藩之外，还有一个孔有德。但是孔有德在同农民军李定国作战时战死了，其子也被李定国所杀，所以没有后人袭封，仅有一女孔四贞嫁给孙延龄，清政府即以孙延龄为将军代领其众，驻守桂林。
三藩中，吴三桂的势力最大。吴三桂（1612～1678年），字长伯，一字月所，辽东人，祖籍江南高邮（今江苏高邮），锦州总兵吴襄之子。他从小习武，弓马娴熟。崇祯皇帝登基后，开武科取士，吴三桂夺得武科举人。不久，吴三桂又以父荫为都督指挥，从此官二代吴三桂一路飞黄腾达，数度升迁。
崇祯十七年（1644年）三月初，李自成逼近北京，崇祯帝飞檄加封吴三桂为平西伯，令其放弃宁远（今辽宁兴城）入卫京师，并起用吴襄提督京营。吴三桂奉旨入援京师，但一路行军并不快，大明王朝在崇祯后期天灾人祸不断，飘遥在风雨中，吴三桂并不想为大明王朝陪葬，他打算看看，如果形势对大明朝廷有利，那就率军勤王，做大明的功臣，如果形势对朝廷不利，那么改换门庭，投靠新皇也不是不可以。结果吴军还没有赶到京师，李自成部就打进了北京，崇祯帝自缢景山（煤山）。
李自成部占据京城后的形势，让吴三桂有些为难。占据京城的李自成部尽管派了人招降吴三桂，但吴三桂经过自己的打探，认为李自成部因胜而骄，离败亡不远了，投降不是个好选择，可不投降，在京城与李自成拼个两败俱伤，也不合算。有兵在手，天下皆可去得，吴三桂选择了撤兵退保山海关，继续观望形势。
随后，李自成率领大军十万，赴山海关攻讨吴三桂。22日的山海关之战，吴军初败。与李自成一战失败后，吴三桂面临两面受敌，左右难支的境况，一面是清军，一面是李自成部，谁是自己的敌人，谁是自己的朋友？这是一个很难做出的决定。就在李自成因为持续的胜利而自我感觉形势大好的时候，吴三桂做出了一个决定——降清。
降清后，吴三桂在一片石战役中大败李自成，不久他作为清军先锋，追击李自成，平灭陕西等地流寇余部，灭四川军阀张献忠。
清顺治十四年（1657），吴三桂进攻云贵等地。顺治十六年，吴三桂镇守云南，率军进入缅甸，迫使缅甸王交出南明永历帝。康熙元年（1662），吴三桂杀南明永历帝于昆明。同年，吴三桂晋封为平西亲王，永镇云贵，与同是降将的福建靖南王耿精忠、广东平南王尚可喜，并称三藩。
三藩的同气连枝，势力越来越大，大到什么地步呢？
事实上，从顺治朝开始，军费就开支浩大，每年入不敷出，而军费主要就耗费在为三藩的支出上。三藩各拥重兵，每年的军费开销非常巨大，以顺治十七年（1660年）为例，国家正赋收入银875万两，而云南一省就要支出银900多万两。竭全国之财力，尚不足一藩之需求。到了康熙初年，财政越加困难，国家钱粮大半耗于三藩。
吴三桂初镇云贵时，清政府曾准予他便宜行事，云、贵督抚全受他节制，所除授文武官员，号称“西选”，“西选”之官几遍各地。当时有“西选之官遍天下”之说。吴三桂位高权重，益发横行。他占据明代桂王的五华山旧宫作为自己的藩府，并大兴土木，修缮得更加奢华，又圈占民田。为了扩大自己的势力，还自己铸钱，所铸钱，时称“西钱”。吴三桂手下有数不清的精兵强将，个个勇健善斗，还能够授官、铸钱，其子吴应熊为额驸，得到朝政消息对他也不是难事。于是，吴三桂自以为根深蒂固，云贵作为独立的小王国，将永远在他势力范围内。
吴三桂如此，其他藩王的品行、作为也好不到哪里去。耿精忠袭封王爵后，非常贪财，在辖地内横征暴敛。他听到一些谣言，说“天子分身火耳”，“火耳者，耿也”，认为自己受命于天，可以做皇帝。
尚可喜在广东令其部属私充盐商，又私市私税。广州为对外通商口岸，“每岁所获银两不下数百万”。尚可喜对清政府没有反心，但他年老多病，不得不将权力交给他的儿子尚之信。尚之信素性桀骜，很不得人心，又酗酒嗜杀，连自己的父亲也不放在眼中。
至此，三藩各据一方，互通声气，广布党羽，实际上已成为割据势力。他们在自己的独立王国里横暴恣行，对朝廷的危害越来越大。
